"Moghulistan" là tên tiếng Ba Tư và đơn giản có nghĩa là "Vùng đất của người Moghul" hoặc tiếng Mông Cổ (thuật ngữ Mughal là tiếng Ba Tư có nghĩa là "Mongol" và -istan có nghĩa là vùng đất ở Ba Tư) liên quan đến nhánh phía đông của các hãn Sát Hợp Đài cai trị nó. Thuật ngữ "Moghulistan" xuất hiện chủ yếu trong lịch sử Liên Xô, trong khi lịch sử Trung Quốc chủ yếu sử dụng thuật ngữ "Đông Sát Hợp Đài hãn quốc" (tiếng Trung: 东 察合台; bính âm: Dōng Cháhétái Hànguó), tương phản với Đế chế Timurid. Các hãn Moghul tự coi mình là người thừa kế truyền thống của người Mông Cổ và tự gọi mình là Mongghul Uls, từ đó thuật ngữ Ba Tư "Moghulistan" xuất hiện. Các quan lại triều đại nhà Minh gọi người Moghul là "bộ lạc Mông Cổ (tiếng Trung: 蒙古 部落; bính âm: Ménggǔ Bùluò) ở Beshbalik". Từ ngoại lệ Timur cho Moghulistan là Ulus-i Jatah.